Во-первых, он был напуган известием о приезде ревизора, так как в городе были страшные беспорядки, тем более ему сообщили, что ревизор едет инкогнито. Во-вторых, поведение самого Хлестакова было непонятно городничему: Хлестаков из боязни прятался, так как задолжал в кабаке много денег, думал, что за ним приехали, чтобы отправить в тюрьму. А городничий всё это принимает за секретность миссии ревизора. В этом и заключается великое мастерство Гоголя, что он сумел создать таким образом комическую ситуацию: Хлестаков боится городничего, поэтому не понимает, что его принимают не за того; в свою очередь, городничий от страха не сумел понять, что перед ним обыкновенный прощелыга, как он потом скажет.