Гетьман Іван Мазепа намагався зробити з України європейську державу, підняти й зміцнити значення й престиж гетьманської влади, яка за десятиріччя руїни зазнала страшної девальвації. Жодний із гетьманів не зробив так багато, як Мазепа для розвитку культури та духовності українського народу. Спроба цього гетьмана вирвати Україну з-під московського ярма, реалізувати велику ідею незалежної самостійної Української держави зазнала поразку. Але протягом трьох століть ця ідея жевріла в серцях найкращих синів і дочок українського народу.
Корені сучасної незалежної України повною мірою лежать у великій ідеї Мазепи.
1692 року почалося заворушення у південних полках, яке очолив Петро Іванович, або Петрик Іваненко. Петрик був канцеляристом генеральної канцелярії, досить освіченою людиною, добрим оратором і дипломатом, палким українським патріотом, який намагався визволити батьківщину від московського ярма й приєднати до Гетьманщини Правобережну Україну, Слобожанщину (про це йшлося в його договорі з Кримом 1692 року).
Попри досить значну допомогу татар, в Україні плани Петрика не зустріли широкого схвалення, до того ж проти нього виступив гетьман, який у закликах Петрика бити "чортів-панів" "дуків, що їм царі маєтності понадавали" побачив загрозу існуючому ладові. Щоправда, деякі історики висловлювали припущення, що вся справа Петрика була інспірована самим Мазепою, який за допомогою договору з татарами хотів вирватися з-під зверхності Москви, поширити впливи України на південь і утворити самостійну державу. Так чи інакше, справа Петрика свідчила про живучість самостійницької концепції серед козацької старшини.
Акція Петрика не мала успіху, бо її не підтримало Запоріжжя, з якого вийшло лише кількасот "голоти". Проти Петрика, якого обрано на гетьмана, виступило кілька полків, сам гетьман і московські війська. Петрикові союзники, татари, почали грабувати населення, виводити ясир, викликаючи обурення людності. Петрик відступив до Перекопу. Старшинська опозиція була розгромлена. Декого заслано, інших - позбавлено урядів.
Ще складнішою була справа з Правобережною Україною. Польський уряд вживав заходи, щоб залюднити Правобережну Україну, що залишалась пусткою після кровопролитних воєн та втечі населення.
Завдяки близьким стосункам з Петром 1 Мазепа зміг скористатися великим козацьким повстанням, що вибухнуло на Правобережній Україні у 1702 році. Після того, як цей район знову було заселено, польська шляхта спробувала вигнати звідси козаків. Правобережне козацтво на чолі з популярним в народі полковником Семеном Палієм підняло повстання; перелякані польські урядники повідомляли, що Палій "хоче піти слідами Хмельницького".
Сили повстанців вже налічували 12 тисяч, коли до них приєдналися інші козацькі ватажки - Самійло Самусь, Захар Іскра, Андрій Абазин. Незабаром перед повстанцями впали такі польські твердині, як Немирів, Бердичів та Біла Церква. Однак у 1703 році полякам вдалось відвоювати значну частину втрачених земель і взяти Палія в облогу в його "столиці" Фастові. Саме в цей час у Польщу вторгається найбільший ворог Петра 1 - король Швеції Карл XII.
Скориставшись замішанням, Мазепа переконує царя дозволити йому окупувати Правобережжя. Знову обидві частини Наддніпрянської України були об"єднанні, і заслугу здійснення цього міг приписати собі Мазепа. Щоб гарантувати себе від загрози з боку популярного в народі Палія, Мазепа за згодою Петра 1 наказує заарештувати того й заслати до Сибіру.