Среди водных ресурсов Иссык-Кульской котловины в целом значительная роль принадлежит подземным водам. Они не только участвуют в питании рек, текущих в оз. Иссык-Куль, составляя в среднем 49 % их стока Цигельная, 1973, но и непосредственно дренируются озером.