Наиболее значительные притоки: справа — Журуа, Пурус, Мадейра, Тапажос, Шингу, Токантинс; слева — Путумайо, Жапура, Риу-Негру. По данным Департамента геофизики бразильской Национальной обсерватории, в одном направлении с Амазонкой, но на глубине 4 км, протекает подземная река Хамза (Hamza), питаемая грунтовыми водами.