если во время выпечки идут внутренние изменения и получается новое вещество - то химическое.
выпечка хлеба, по-моему, чисто физическое действие: сырое тесто проходит через сильный нагрев. в ввиду чего испаряется вода из теста и оно становится жестким. меняется только физические параметры - форма и плотность вещества.