Бактерии играют важную роль в круговороте веществ в природе, который является основополагающим условием существования жизни на Земле. Органические соединения погибших организмов под воздействием бактерий распадаются на неорганические вещества, которые могут снова использоваться растениями.
В водной среде представителей данного царства используют для очищения водоёмов, а также сточных вод. Благодаря своей жизнедеятельности бактерии из опасных органических веществ делают безопасные неорганические.