В истории монастыря— это и официальное признание высокого духовного значения обители: 1 августа 1649 г. монастырю было пожаловано архимандритство. Со времен основания монастырем управляли игумены и, как отмечают историки, кирилловские игумены зачастую по значимости стояли выше многих архимандритов и принимали участие в решениях земских и церковных соборов.