Головним джерелом забруднення природних вод є стічні води (промислові, господарсько-побутові, сільськогосподарські), серед яких за токсичністю виділяються промислові стічні води.
Відбувається при прямому або непрямому попаданні забрудників у воду при відсутності заходів по очищенню і видаленню шкідливих речовин.
В більшості випадків забруднення прісних вод залишається невидимим, оскільки забрудники розчиняються у воді. Але є такі винятки, як мийні засоби, плаваючі на поверхні нафтопродукти. Є декілька природних забрудників.