Климат Тянь-Шаня резко континентальный: жаркое лето в предгорьях и долинах и совсем нежаркое в нивальной и субнивальной зоне, необычно суровая для этих широт зима, большие суточные и годовые колебания температур, небольшая облачность и значительная сухость воздуха.